Дифтерийный экзотоксин имеет склонность поражать нервную, сердечную и почечную ткани. Осложнения со стороны нервной системы могут проявляться параличами, которые могут наблюдаться после 2-3 недель болезни.
1. Голова и шея:

а) при параличе мягкого неба осложнения ранние и наиболее частые, характеризуются носовым оттенком голоса и попаданием пищи в нос, мягкое небо отклонено в здоровую сторону;

б) паралич глазных мышц включает внутренние (паралич аккомодации) или внешние мышцы (косоглазие, диплопия);

в) паралич глотки сопровождается нарушением глотания, надо использовать носопищеводный зонд для кормления до полного выздоровления больного;

г) паралич гортани.
2. Поражение грудной мускулатуры, включая диафрагму и межреберные мышцы.

Лечение: искусственная вентиляция легких с использованием аппарата управляемого дыхания, пока самостоятельное дыхание не восстановится.

Паралич конечностей наблюдается редко.

Сердечно-сосудистые осложнения (сердечные поражения) бывают ранними, которые возникают из-за токсического миокардита или периферического циркуляторного расстройства и поздними, которые происходят вследствие поражения блуждающего нерва (неврит).

Респираторные осложнения возникают вследствие обструкции путей дыхания дифтеритическими пленками (трахеостомия может стать необходимой) и нисходящего инфицирования (бронхит и бронхопневмония).

К почечным осложнениям относится острый нефрит (альбуминурия).