Методы амплификации нуклеиновой кислоты (ПЦР): тест, который проверяет ДНК хламидий. В образце биоматериала он «ищет» генетический материал этих бактерий, и в случае его нахождения подтверждает диагноз хламидиоза. Этот метод точен, и ложно-положительный результат теста очень маловероятен. Поэтому ПЦР является золотым стандартом для выявления хламидиоза.

Для ПЦР-диагностики собирают образцы мочи: это должна быть первая утренняя моча (приблизительно 20-30 мл, не более, чтобы не разбавлять титры). До получения образца нельзя мочиться как минимум в течение не менее одного часа.
Также для ПЦР-диагностики хламидиоза собирают и другой биоматериал: соскоб со слизистой рта (до предоставления образца нельзя чистить зубы или полоскать рот); уретральный, вагинальный и эндоцервикальный мазки; фарингальный мазок; ректальный мазок (для последних используется тампон). Женщины не должны спринцеваться или использовать вагинальные кремы / лекарства в течение 24 часов до сбора образцов.
Помимо этого хламидиоз можно определить методом прямой иммунофлюоресценции, для которого берется небольшой объем крови, который затем проверяют на наличие антител к возбудителям хламидиоза. Хламидиоз не относится к инфекции, передающейся через кровь, однако организм человека все же вырабатывает в ответ на этих возбудителей антитела.
Метод прямой иммунофлюоресценции не так точен и может привести к ложно-положительным или ложно-отрицательным результатам. Также человек может уже не болеть этой инфекцией, но анализ покажет положительный результат, поскольку он болел ею в прошлом. Поэтому данная методика не должна применяться для диагностики хламидиоза отдельно. Это же относится и к твердофазному иммуноферментному анализу (ИФА, ELISA), также использующему в качестве биоматериала сыворотку крови.
Также сегодня продолжает использоваться метод выращивание культуры клеток для последующего обнаружение хламидий с помощью метода иммунофлюоресценции. Этот тест занимает больше времени (как правило, от 5 до 7 дней), чем другие тесты, и должен проводиться в лаборатории. Для этого теста берут следующие образцы: конъюнктивальный, эндоцервикальный, ректальный или уретральный тампон; мазок из горла или задней стенки носоглотки.