Впервые бактериальный токсин был обнаружен в 1888 г. Ру и Йерсен сообщили, что безмикробные фильтраты Corynebacterium diphtheriae обладают летальным эффектом для морских свинок. Характер патологоанатомических изменений у погибших морских свинок после введения им фильтратов напоминал изменения, развивающиеся у этих животных после заражения летальной дозой живой культуры С. diphtheriae. Стало понятно, что не сам микроб, размножаясь в тканях макроорганизма, вызывает их поражение, а что эти поражения развиваются в результате действия специфических бактериальных продуктов, совокупность которых и стали называть «токсином». В последующем было обнаружено, что бесклеточные фильтраты Clostridium botulinum и Clostridium tetani также обладают летальным эффектом в отношении экспериментальных животных. Со временем число выявленных видов бактерий, способных продуцировать токсины, существенно увеличилось.

Здесь уместно еще раз подчеркнуть, что «токсином» сначала называли стерильные культуральные фильтраты патогенных бактерий, которые обладали токсическим эффектом при введении их экспериментальным животным. По мере накопления фактического материала выяснилось, что такие культуральные фильтраты содержат в своем составе целый ряд биологически активных веществ, не имеющих отношения к токсичности. С другой стороны, сама способность того или иного бактериального вещества вызывать летальный эффект у животных, стала обязательной и характерной особенностью бактериальных токсинов. В результате количество биологически активных веществ бактерий, включенных в категорию токсинов, существенно возросло. Классической иллюстрацией к вышесказанному является классификация токсинов, продуцируемых возбудителем газовой гангрены. В данном случае в категорию токсинов включены, помимо гемолизинов, даже протеаза, гиалуронидаза и нейраминидаза. И хотя в последнее время ферменты патогенных бактерий уже не включают в категорию токсинов, количество веществ, относящихся к этой категории, все еще достаточно велико и составляет около 150. Таким образом, не вызывает сомнения тот факт, что в процессе жизнедеятельности патогенные бактерии продуцируют целый ряд биологически активных веществ, которые при введении их животным проявляют токсический эффект. Некоторые из этих веществ обладают токсическим эффектом не только по отношению к животным, но и к клеточным культурам, поэтому их называют цитотоксическими факторами (например, дифтерийный токсин, экзотоксин А синегнойной палочки и др.).

В то же время имеются вещества бактерий, которые вызывают гибель животных, но не обнаруживают токсического эффекта по отношению к клеточным культурам и потому их называют цитотоническими факторами (например, холерный энтеротоксин, ботулинические нейротоксины и др.). Все эти факты не только не упростили, но и усложнили ответ на вопрос, что же такое токсины. По мере накопления фактических данных наши представления об этих загадочных веществах менялись. Например, Л. А. Зильбер характеризовал токсины как «ядовитые вещества, отравляющие организм». Имеется целый ряд сходных определений, но все они теперь представляют только исторический интерес, так как позволяют включить в категорию токсинов бесконечное число веществ различного происхождения. В 1967 г. Bonventre и соавт. предложили сузить понятие «токсины», привязав его к определенному классу веществ. Действительно, термин «токсины» обычно используется в двух смыслах. В разговорном языке токсинами называют любое токсическое вещество, которое существует в природе. В научной литературе, особенно в бактериологии, токсинами называют специфический класс ядов (к ядам следует отнести любые вещества органической и неорганической природы, вызывающие токсический эффект для макроорганизма). Токсины как специфический класс ядов отличаются от простых химических веществ своим клеточным происхождением и белковой природой.

Таким образом, было предложено термин «токсин» относить только к белковым ядам прокариотического, животного или растительного происхождения. Это не означает, что в этих живых организмах не могут встречаться яды других классов, которые не следует называть токсинами. Целесообразность ограничения категории токсических веществ, к которым может быть применен термин «токсин», не вызывает сомнений. Но тем не менее остается необходимость дать определение этому термину. По мнению Bonventre и соавт., квалифицированы как токсины могут быть только те материалы, которые оказывают прямой токсический эффект на чувствительные клетки и ткани хозяина. Однако, как указывалось выше, имеются токсины (холерный энтеротоксин, LT-энтеротоксин и др.), не оказывающие прямого токсического действия на клетки, но обладающие выраженным токсическим эффектом на организменном уровне. Поэтому более полным является следующее определение: «Микробные токсины—это белки (простые и сложные) микробного происхождения, способные оказывать на клетки и ткани макроорганизма действие, приводящее в конечном итоге к нарушению гомеостаза последнего». Однако и это определение не может быть признано удовлетворительным, так как оно позволяет включать в категорию токсинов целый ряд продуктов, способных вызывать нарушение гомеостаза при испытании их в нефизиологических концентрациях, но во многих случаях не участвующих в формировании даже отдельных симптомов инфекционного заболевания.