Острова патогенности — это сегменты бактериальной ДНК, несущие один или несколько генов вирулентности, которые были приобретены из чужеродного источника. Приобретение этих сегментов ДНК опосредовано такими мобильными генетическими элементами, как транспозоны, плазмиды или бактериофаги. Открытие островов патогенности стало возможным благодаря секвенированию геномов многих патогенных и непатогенных бактерий.

Результаты анализа этих геномов показали, что многие из них содержат вставки, которые отличаются от основной последовательности нуклеотидов по проценту GC-пар, а также имеют целый ряд других особенностей. Ввиду того, что в этих геномных островах были обнаружены гены патогенности, данные нуклеотидные последовательности получили название «острова патогенности»; их особенности представлены в таблице ниже. Однако вскоре было обнаружено, что в некоторых геномных островах не содержится генов патогенности, а имеются гены, обеспечивающие метаболические функции, симбиоз, резистентность к антибиотикам и ряд др.. Острова патогенности могут содержать гены патогенности, которые обеспечивают синтез факторов адгезии и колонизации, инвазивности и внутриклеточного размножения, а также токсинов, систем секреции, модуляторов клеточных функций хозяина.