В настоящее время нет конкретного метода, позволяющего сразу выделять патогенные микроорганизмы или дифференцировать их от непатогенных микроорганизмов. Обычно перед проведением микробиологических исследований и выбором конкретных методов персонал лаборатории узнаёт у лечащего врача предположительный диагноз заболевания.

При выделении возбудителей обычно проводят многоэтапные исследования; нередко микроорганизмы растут медленно, поэтому врач обычно начинает лечение, не дожидаясь результатов, препаратами, эффективными в отношении предполагаемого возбудителя. В процессе лечения лечащий врач использует промежуточные результаты микробиологических исследований, позволяющие, в случае необходимости, быстро скорректировать терапию.