При заражении человека вирусом птичьего гриппа инкубационный период длится 2-3 дня (редко до 2-х недель). В стадию клинических проявлений птичьего гриппа развивается инфекционно-токсический, желудочно-кишечный и респираторный синдромы. Манифестация инфекции острая – с высокой температуры до 38-40°С, потрясающего озноба, мышечных и головных болей. Возможно развитие насморка, конъюнктивита, слабо выраженного катарального синдрома (фарингита), кровотечения из носа и десен. Примерно в половине случаев возникают боли в области живота, неоднократная рвота и водянистая диарея. У трети пациентов развивается острая почечная недостаточность.

Уже через 2-3 дня от начала проявлений птичьего гриппа присоединяется респираторный синдром. Развивается интерстициальная вирусная пневмония, сопровождаемая кашлем с выделением прозрачной мокроты, кровохарканьем, одышкой, тахипноэ, цианозом. Быстрое прогрессирование воспалительных изменений в легких приводит к развитию острого респираторного дистресс-синдрома. Гибель пациентов при птичьем гриппе наступает обычно на второй неделе заболевания от отека легких, острой дыхательной недостаточности, полиорганной недостаточности или присоединившейся вторичной бактериальной и грибковой инфекции. Наиболее тяжело птичий грипп протекает в раннем детском возрасте. Особенности заболевания у детей характеризуются развитием менингоэнцефалита, сопровождающегося выраженной головной болью с рвотой, нарушением сознания.