Длительность инкубационного периода (с момента заражения до появления симптомов) при гриппе А(H5N1) чаще 2-3 дня, однако может колебаться от 1 до 8 дней, а в редких случаях до 2х недель.

Симптомы болезни можно объединить в нескольких клинических синдромов:
1) инфекционно-токсический; 2) респираторный; 3) желудочно-кишечный.

Начало птичьего гриппа всегда острое, что связано с высокой патогенностью его для человека. Появляется потрясающий озноб, выделения из носа, першение в горле, мышечные боли. Нередко больных беспокоит нарушение стула вплоть до водянистого, часто неоднократная рвота. Самый постоянный симптом — повышение температуры тела до 38-40º, причем с первого дня болезни сразу высокая. Через 2-3 дня появляется респираторный синдром: часто развивается первичная вирусная пневмония (у больного выраженный кашель с прозрачной мокротой, иногда с примесью крови, быстро присоединяется одышка). При выслушивании — жесткое дыхание и влажные хрипы.

При проведении рентгенографии грудной клетки уже в начале болезни обнаруживают множественные, порой обширные воспалительные инфильтраты, особенность которых в быстром слиянии и распространении за пределы первичного очага воспаления; иногда долевые уплотнения.

Дальнейшее развитие болезни приводит к развитию осложнений: дыхательной недостаточности и острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС). ОРДС сопровождается выраженным тотальным воспалением легочной ткани, грубыми нарушениями дыхания, кислородной недостаточностью и развитием отека легких. Нередко развитие такого осложнения является смертельным для пациента.