Экологическая специфика патогенных микроорганизмов, обладающих разной степенью паразитизма, проявляется в разной степени «замкнутости» циркуляции возбудителя внутри паразитарной системы. Следовательно, она может служить надежным критерием при функциональной характеристике паразитарных систем и соответствующей их классификации. Наиболее полная и стройная классификация паразитарных систем по их структуре проведена В. Н. Беклемишевым (1970). Согласно этой классификации, паразитарные системы могут быть двучленными (возбудитель — носитель) и трехчленными (возбудитель — переносчик — носитель). Первые характерны для нетрансмиссивных путей циркуляции возбудителя, вторые-для трансмиссивных.

Среди двучленных и трехчленных паразитарных систем различают простые и сложные. Простые двучленные системы включают один вид носителя, а простые трехчленные — по одному виду носителя и переносчика. В сложных паразитарных системах представлены разные виды носителей (сложная двучленная) или несколько видов как носителей, так и переносчиков (сложная трехчленная). Простые паразитарные системы наиболее типичны для антропонозов — нетрансмиссивных (двучленные) и трансмиссивных (трехчленные). Напротив, для большинства зоонозов характерны сложные паразитарные системы, составленные при нетрансмиссивных инфекциях несколькими видами носителей, а при трансмиссивных — несколькими видами теплокровных носителей и членистоногих переносчиков. И наоборот, общий тип функционирования может иметь место в структурно различных паразитарных системах — двучленной и трехчленной. Необходимость самостоятельного анализа функциональной организации паразитарных систем обусловлена и тем, что циркуляция многих патогенных микроорганизмов связана с периодическим «выходом» из паразитарной системы и временным либо неопределенно длительным существованием во внешней среде.