Диагностика свиного гриппа производится на основании жалоб пациента, эпидемиологического анамнеза (предшествующий контакт со свиньями за неделю до болезни, тесный близкий контакт с человеком, который был в контакте со свиньями или был болен данным типом вируса), осмотра, выслушивания лёгких и лабораторных исследований. По одной клинической картине невозможно точно определить свиной это грипп или какой-то другой.

Клиническая картина свиного гриппа характеризуется:
повышением температуры тела до 39 °С и более;
сухим кашлем;
болями, но чаще чувством саднения в области горла;
головной болью;
боязнью света и болью в глазных яблоках;
суставными и мышечными болями;
диареей, рвотой, общей слабостью.
Характерной особенностью является раннее развитие осложнения в виде пневмонии (на 2-3 сутки).

При осмотре врач выявляет покраснение слизистой задней стенки глотки, нёбных дужек, слизистой оболочки нёба, увеличенные лимфатические фолликулы на задней стенке глотки («булыжная мостовая»). Кожные покровы становятся бледными и могут приобретать синюшный оттенок, что чаще наблюдается у детей.

При выслушивании лёгких отмечается жёсткий оттенок дыхания, в особенности над нижними отделами лёгких. При развитии пневмонии может выявляться крепитация (характерный хрустящий звук) и ослабление везикулярного дыхания (дыхательного шума, слышимого при выслушивании и напоминающего звук “Ф”).

Тщательное внимание уделяется показателям, отражающим тяжесть заболевания:
частоте дыхательных движений;
частоте пульса;
наличию признаков дыхательной недостаточности (одышке, бледности или синюшному оттенку области носогубного треугольника);
степени выраженности интоксикации;
показателю уровня насыщения крови кислородом (сатурации).
Дифференциальная диагностика проводится с сезонным гриппом, внебольничной пневмонией, при боли или дискомфорте в верхнем отделе живота — с кишечной и ротавирусной инфекциями.

К лабораторным способам диагностики относится выявление РНК вируса методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Для этого исследуются мазки со слизистой оболочки носоглотки и задней стенки ротоглотки. Концентрация вирусов в этих отделах становится максимальной на 2-3 день от момента появления симптомов заболевания, поэтому брать материал для исследования предпочтительно именно в эти сроки. Метод ПЦР позволяет обнаружить РНК возбудителя и гораздо позднее — в среднем до 7 дней, и максимум — до 2 недель от начала заболевания.Мазки со слизистых оболочек верхних дыхательных путей берут двумя разными зондами: сначала со слизистой нижнего носового хода, а затем из ротоглотки. После чего их объединяют вместе для повышения чувствительности исследования. Лучше всего проводить забор биологического материала не позднее трёх дней от начала заболевания или в первый день госпитализации, желательно до начала противовирусной терапии. Таким образом, выявление РНК вируса с помощью ПЦР необходимо лишь в первые дни заболевания. Точность метода составляет 70-80 % .